ギターの天才少年ミゲル（声：アンソニー・ゴンサレス）はミュージシャンを夢見ていたが、ある過去の悲しい出来事により、彼の家族には音楽禁止の厳しい掟があった。ギターを弾くどころか、家で音楽を聴くこともできないミゲルは、大好きな家族か、ミュージシャンになる夢を取るか、悩んでいた。そんなある日、ミゲルは、名曲『リメンバー・ミー』を遺した伝説の国民的ミュージシャンで、憧れの存在であるデラクルス（ベンジャミン・ブラット）の霊廟に飾られたギターを手にする。先祖が家族に会いに来るという“死者の日”に開催される音楽コンテストに出場する決意をしたミゲルがギターを奏でると、先祖たちが暮らす“死者の国”に迷い込んでしまう。そこは夢のように美しく、テーマパークのようにワクワクする世界で、祖母の祖母をはじめとする先祖たちのガイコツたちと出会う。だが、生者であるミゲルは早く戻らないと取り返しのつかないことになってしまう。そんなミゲルに、正体不明のガイコツ、ヘクター（ガエル・ガルシア・ベルナル）が手を差し伸べる。陽気だけど孤独なヘクターは、生きているミゲルにある願いを託すため、彼が無事に帰還できる方法を一緒に考える。しかし二人は、ミゲルの一族に隠された驚くべき秘密に気づく。なぜミゲルは、死者たちの世界に迷い込んでしまったのか？ すべての謎は、デラクルスの美しいバラード『リメンバー・ミー』に隠されていた……。